organigramme des enseignements

7 UE (395 h au total + stage)
 
 

 

1er semestre

UE 1 Écologie évolutive (37h, 6 ECTS, 24h CM, 8h TD, 5h TP).
Responsable: Frank Cezilly ( Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser. )
  • Histoire des idées en évolution
  • Sélection naturelle et sélection sexuelle
  • Mécanismes évolutifs du maintien de la biodiversité
  • Adaptation locale et coévolution
  • Spéciation et extinctions
  • Origines et maintien de la variabilité morphologique
  • Évolution des traits d'histoire de vie : immuno-écologie et sénescence
  • Évolution de la plasticité phénotypique
  • TP-TD : Réflexion à partir de documents scientifiques de référence. Lecture d'un ouvrage (R.Dawkins, Le gène égoïste). Séminaires de l'Institut Buffon.
UE 2 Génétique des populations (38h, 6 ECTS, 20h CM, 10h TD, 8h TP)
Responsable: Rémi Wattier ( Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser. )
  • Variabilité génétique: paramètres et modèles de bases
  • Forces évolutives: mutation, migration, dérive, sélection
  • Théorie neutraliste de l'évolution
  • Systèmes de reproduction
  • Génétique des métapopulations
  • Évènements démographiques : expansion, goulots d'étranglement
  • Phylogéographie
  • Génétique de la conservation
  • TP-TD : Exercices en alternance avec le cours, de façon à concrétiser les exposés théoriques et à mieux faire comprendre leur contenu. Analyse de données à l'aide de logiciels informatiques.
UE 3 Biologie et gestion des populations (60h, 6 ECTS, 25h CM, 15h TD, 20h TP)
Responsable:MC Anstett ( Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser. )
  • Dynamique des populations: Croissance de populations (exponentielle, logistique), structure d'âge, estimation des paramètres démographiques
  • Fonctionnement métapopulationnel, source-puits
  • Dynamique des interactions inter et intraspécifiques (compétition, prédation, parasitisme)
  • Application à la gestion des populations (rendement optimal, pêcherie...)
  • TD et TP: Exercices en alternance avec le cours, de façon à concrétiser les acquis théoriques et à faciliter leur appréhension. Une partie des séances se dérouleront sur le terrain, notamment lors d'un stage dédié à la biologie des populations d'invertébrés aquatiques.
UE 4 Écologie quantitative et modélisation (60h, 6 ECTS, 25h CM, 15h TD, 20h TP)

1) Écologie quantitative (38h, 4 ECTS, 15h CM, 15h TD, 8h TP)

Responsable: Bruno Faivre ( Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser. )
  • Estimateurs de la biodiversité
  • Descripteurs des populations et des communautés
  • Analyse de la répartition des organismes dans l'espace
  • Estimations par capture-marquage-recapture
  • Analyses multidimensionnelles (Analyse discriminante, ACP, AFC)
  • TD et TP: Application de méthodes d'estimations des descripteurs quantitatifs à partir d'exemples sur documents et de travaux de terrain (sortie en forêt de Cîteaux)

2) Modélisation (22h, 2 ECTS, 10h CMn 12h TP)

Responsable: Francois Xavier Dechaume Moncharmont ( Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser. )
  • Introduction à l'utilisation de modèles en biologie
  • Optimisation simple
  • Stratégies évolutivement stables
  • TD et TP: Exercice de modélisation et utilisation de l'outil informatique.
UE 5 Outils (60h, 6 ECTS, 16h CM, 30h TD, 14h TP)
1) Anglais (20h TD, 2 ECTS)
Responsable: Michele Bichot ( Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser. )
  • Entraînement à la compréhension de l'anglais du domaine à partir de documents écrits et sonores.
  • Développement des moyens d'expression en anglais à l'oral et à l'écrit.
  • Entrainement à la compréhension de l’anglais du domaine à partir de documents écrits et sonores.
2) Biostatistiques (40h, 4 ECTS, 16h CM, 10h TD, 14h TP)
Responsable: Stéphane Garnier ( Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser. )
  • Introduction au modèle linéaire
  • Comparaisons d’échantillons indépendants (ANOVA à deux facteurs et plus, ANOVA hiérarchique)
  • Relation entre variables (Régressions multiples, pas à pas, non linéaires)
  • Analyse de covariance
  • TD et TP: Développement "à la main" de certains étapes d'analyse et utilisation d'un logiciel statistique (logiciel R)

 

 

2ème semestre

 

UE 6 Parcours 1 : Écologie Comportementale 100h (15 ECTS, 50h CM, 25h TD, 25h TP)

Responsable: Frank Cezilly ( Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser. )

Partie 1 : Les fondements de l'écologie comportementale (9h)

  • De l'éthologie à l'écologie comportementale (2h)
  • Concepts et méthodes d'étude en écologie comportementale (4h)
  • Variation interindividuelle et syndromes de personnalité (3h)

Partie 2 : Prise en compte des facteurs proximaux (11h)

  • Système nerveux et comportement (3h)
  • Hormones et comportement (2h)
  • Apprentissage, mémoire et cognition (6h)
Partie 3 : Stratégies de survie et d'exploitation de l'environnement (8h)
  • Relations proie-prédateurs (4h)
  • Dispersion et sélection de l'habitat (4h)

Partie 4 : Comportement et reproduction (16h)

  • Sélection sexuelle et choix du partenaire reproducteur (8h)
  • Évolution des régimes d'appariement (4h)
  • Allocation au sexe (2h)
  • Comportement parental (2h)

Partie 5 (commune aux deux parcours) : l'apport du comportement dans la conservation (6h)
 
TD et TP : Exposé et discussion sur thèmes et documents. Utilisation de modèles expérimentaux en laboratoire et sur le terrain
 

UE6 Parcours 2 : Biodiversité et conservation 100h (15 ECTS, 50h CM, 25h TD, 25h TP)

Responsable: Loic Bollache ( Cette adresse e-mail est protégée contre les robots spammeurs. Vous devez activer le JavaScript pour la visualiser. )

Introduction générale (2 h)

  • Rôle de la biodiversité, anthropisation net biologie de la conservation, diversité régionale et globale, endémisme, centre de diversification, biogéographie et phylogéographie, points chauds de diversité, zones refuges.

Partie 1 : Gestion des populations naturelles (12 h)

  • Les populations menacées, conservation ex et in situ, processus démographiques, analyse de la viabilité des populations, population minimum viable
  • Les populations à grand effectif, contrôle et limitation des populations naturelles
  • Les populations auxiliaires, lutte raisonnée

Partie 2 :  Ecologie des communautés: processus et application (18 h)

  • Rappel sur la structure des communautés, richesse et diversité, relations de dominance, traits fonctionnels des espèces, diversité et productivité des écosystèmes
  • Topologie des réseaux d'interactions et dynamique trophique des communautés
  • Notions de réseaux écologiques, nature des interactions, réseaux compétitifs, réseaux mutualiste (organisation des communautés et mutualisme, exemples de mutualismes plantes-pollinisateurs, symbiose plante-nutrition), réseaux trophiques et stabilité des communautés, dynamique des réseaux trophiques, régulation top-down et bottom-up
  • Dynamique d'assemblage des communautés dans l'espace, Déterminisme et contingence historique dans les règles d'assemblages, modèles neutres et théorie des niches, notion de filtres, assemblage des communautés et échelles spatiale, traits des espèces, introduction à l'écologie des communautés microbienne
  • Temps et espace, augmentation des echelles spatio-temporelles: Ecologie des métacommunautés, application de l'écologie des métacommunautés, diversité et services écosystémiques à l'intersection de processus locaux et régionaux

Partie 3 : Anthropisation et évolution de la biodiversité (14 h)

  • introduction générale, définition de l'anthropisation des écosystèmes et conséquences pour la biodiversité
  • Introduction à l'agroécologie, relation entre agriculture et biodiversité, services écologiques, spécificité des écosystèmes naturels versus agrosystèmes
  • Invasions biologiques,  relation entre structure des écosystèmes et invasion, traits fonctionnels des espèces invasives, impacts et conséquences des invasions
  • Ecologie des milieux hyper-anthropisés
  • Ecologie de la restauration, restauration versus réhabilitation, biorémédiation
Partie 4 (commune aux deux parcours) : l'apport du comportement dans la conservation (6h)

Travaux dirigés et travaux pratiques
  • 10 H TD exposés individuels
  • 10 H TD discussions sur articles
  • TP1 : diversité biologiques des peuplements piscicoles (pèches électriques) et diversité microbienne. (12 h TP, 2 h TD)
  • TP2 : interaction plantes-sol-microorganismes : analyse comparative des peuplements végétaux et microbiens de deux forets. (13 h TP, 3 h TD)
UE 7 Introduction à la recherche (3 mois, 15 ECTS)

Responsable:

Objectifs : Acquisition d'une première expérience de la vie professionnelle dans le domaine de l'écologie et de l'évolution au sens large, fondamentales ou appliquées validée par l'université. Le stage pourra se dérouler dans un laboratoire de recherche, ou dans tout autre type d'établissement, public ou privé.
 
Partenaires : Ce stage de recherche ou d'application, a lieu en laboratoire de recherche, ou dans tout autre type d'établissement, public ou privé. Différents types de partenariats ont été développés pour assurer une large gamme de stages en France et à l'étranger. Tous les partenaires s'engagent à proposer des stages de recherche ou d'application aux étudiants du Master BOP. Vous pouvez consultez la liste (non exhaustive) de nos partenaires. Pour vous rendre compte de la diversité des stages que nous vous proposons, nous vous invitons à vous rendre sur les historiques des stages de Master 1 et Master 2.